Going Clear’de eskiden Scientology Kilisesi’nin üyesi olan kişilerin hikayeleri anlatılıyor. Belgeselde kimi röportaj veren eski müridler arasında; Scientology’ye bağlı Hollywood Celebrity Center’da John Travolta’dan da sorumlu olarak çalışan Sylvia “Spanky” Taylor, Crash’ın yönetmeni Paul Haggis gibi kişiler yer alıyor. Eski müridler, kişisel yolculukları süresince, karanlık zamanlarını, çıldırmanın eşiğine geldikleri halleri tüm içtenlikleriyle anlatıyor.

Belgeselde, resmi belgeler ve özel görüntülerle kilisenin faaliyetleri, kurucusu Hubbard ve şu andaki lideri David Miscavige hakkında ayrıntılı bilgiler veriyor.

Scientology inancının temeline göre, insan beyninin iki bölümü olduğu, bunlardan birinin analitik, diğerinin reaktif olduğunu ve” e-meter” adını verdikleri yalan makinesine benzer kablolu bir düzenekle, düşüncelerin aktarılabileceğinden bahsediliyor. Bu seanslara ise “auditing” adı veriliyor. Auditing kilise üyelerinin faaliyetlerinin bir parçası. Bir tür psikoterapiye benzeyen auditing, itirafa ve günah çıkarmaya dayandığından insanlar kendini iyi hissedebiliyor.

Scientology’nin kurucusu Hubbard’ın paranoid, korkutucu bir kişi haline dönüşmesi, ailesine yaşattığı şiddet ayrıntılarıyla anlatılıyor. Scientology’nin doktrini, Hubbard’ın savaş sırasında aldığı yaraları ve hastalığını inancı sayesinde iyileştirdiği etrafında şekillendirilirken, kayıtlar aslında başka bir hikayeye; Hubbard’ın yalnızca kireçlenme ve konjuktivit rahatsızlığı olduğuna işaret ediyor. Vergi ödemeyi reddeden ve çoğu hükümet tarafından aranan Hubbard’ın, üç gemiden oluşturduğu bir filoyla Sea-Org adını verdiği yapıyla, Akdeniz’de bir yandan kilise üyelerini kürek mahkumu gibi gemide çalıştırırken nasıl liman liman gezerek saklandığını, diğer yandan da kilisesinin yapısını oluşturduğunu anlatıyor.